Nazwa ulicy pochodzi od znajdującego się w pobliżu kościoła i klasztoru franciszkanów. Dawna droga narolna biegnąca wzdłuż ról Nowej Warszawy. Jako przedłużenie Kościelnej została zabudowana na odcinku początkowym domami drewnianymi, zapewne w XVI w. W 1621 przecięta została wałem obronnym (ob. Wałowa); zwano ją Boczną od Zakroczymskiej, Kollateralną lub Ku Nalewkom. W 1647 przy Franciszkańskiej i Zakroczymskiej franciszkanie wybudowali drewniany kościół i klasztor, zniszczony przez Szwedów w 1655; w 1680 rozpoczęli budowę murowanego kościoła, prowadzoną wg projektu arch. Jana Ceroniego przez arch. Antoniego Fontanę i zakończoną w 1733. Od kościoła ulica wzięła nazwę Franciszkańska W połowie XVIII w. na rzeczce przecinającej Franciszkańską w pobliżu Wałowej wybudowano most o długości 24 m. Ok. 1770 wybudowano 36 jatek należących do miasta Nowej Warszawy i nazwano je Wolnicą; w 1790 liczba jatek wzrosła do 70. Odtąd aż do 1850 Wolnicą nazywano odcinek Franciszkańskiej od Nalewek do Bonifraterskiej. W końcu XVIII w. przy Franciszkańskiej usytuowany był pałac Piotra Małachowskiego starosty oświęcimskiego, 7 kamienic, 8 domów murowanych i 22 drewniane oraz browar. Po stronie północnej rozciągały się ogrody. Podczas insurekcji kwietniowej 1794 część domów i dworków została spalona. Gwałtowny rozwój zabudowy Franciszkańskiej miał miejsce w latach 20. XIX w. po przesiedleniu w ten rejon ludności żydowskiej. W latach 1818-1828 na miejscu drewnianych domów i ogrodów wybudowano po obu stronach ulicy zwarte szeregi 19 kamienic klasycystycznych wznoszonych przeważnie przez architekta Karola Gallego i zamieszkałych przez ludność żydowską. W XIX w. Franciszkańska była ulicą handlową. Ulica, zamieszkana niemal wyłącznie przez ludność żydowską i pełniąca rolę ważnej arterii handlowej, zyskała wyjątkowo piękną oprawę architektoniczną, porównywalną tylko z Nowym Światem i Nalewkami. Franciszkańska słynęła już w tym czasie jako czołowy ośrodek handlu towarami bławatnymi i łokciowymi. Wśród składów bławatnych działały m.in. firmy: Nadziei Izydor (nr 3), Jankiela Choromańskiego, Moszka, Chaima i Tobiasza Cohnów (nr 17 - częściowo od strony Nowiniarskiej), Berka Rosenstejna (nr 21) i Bera Bleieisena (nr 23). Dwadzieścia lat później (1869) odnotowano już 18 takich składów (m.in. Abrama Bergriina - nr 10-12, Hersza Borensztajna -nr 29-31, Beniamina Brabandera - nr 23, Joska Salberga - nr 28 i Moska Stiickgolda - nr 24). Niezależnie od wymienionych firm egzystowały dziesiątki „handelków" ulicznych i podwórzowych. Wśród składów towarów łokciowych wyróżniały się w 1854 m.in.: skład Fajwela Fajwelsohna (nr 14), Salomona Schónberga (nr 6/12) i Abrama Wentensteina (nr 29-31). Handel futrami prowadził w 1854 niejaki Dawid Baufuchs (nr 14), a w 1869: Hersz Baranek (nr 24) i Lewek Juda (nr 22). Handlowano także suknem i płótnem (Lewek Desso - nr 6-12 i Szaja Lipszyc nr 29-31). Inną wielką specjalnością handlu na F. były składy skór: w 1869 było ich 13 (m.in. Szlamy Bergera - nr 24, Abrama Hildebrandta - nr 37, Majera Lichtenberga - nr 33 i Icka Lindnera - nr 29). W odróżnieniu od handlu bławatnego i łokciowego, który upadł na pocz. XX w., handel skórami rozwijał się bardzo dynamicznie: w 1. dekadzie XX w. działało przy F. już ok. 180 (!) przedstawicieli tej branży. Niewiele było fabryk. W 1854 odnotowano tylko fabryczkę płótna Józefa Landego (nr 6-12), a w 1869 na tym samym miejscu: fabrykę tabaczną Spielrejna i Spółki. Dopiero po 1900 odnotować można liczne małe wytwórnie, m.in. czapek E. Jakubowicza (nr 26), parasolek J. Pfefferfisza (nr 34), cukierków B. Ascha (nr 12) i czekolady („Kometa" i „Rusałka" pod numerem 11 A). Istniało wtedy aż 9 sklepów kolonialnych i 6 składów win i wódek, a także ok. 20 sklepów branży galanteryjnej i sześć ze szczotkami i pędzlami, nie licząc kilkudziesięciu sklepików z innymi wyrobami. Od lat 60. aż po wiek XX egzystował na Franciszkańskiej jedyny hotel: „Zajazd Litewski" (nr 30). W czwartej ćwierci XIX w. na Franciszkańskiej wybudowano kilka kamienic trzypiętrowych o neorenesansowej ornamentyce fasad. W paru przypadkach nadbudowano starsze kamienice, zmieniając przy okazji ich wystrój. Wśród powstałych w tym czasie domów dochodowych należy wymienić kamienicę nr 29-31 projektowaną zapewne przez Józefa Orłowskiego, który w latach 1878-79 kierował pracami i rozbudowaną w 1889 dla Izaaka Herszfinkla przez Jana Kwiatkowskiego, następnie: nr 13 (dwupiętrową) wzniesioną w latach 1880-81 pod kierunkiem W. Grabowskiego, nr 28 .Na odcinku od Nowiniarskiej i Bonifraterskiej do Nalewek, gdzie działki miały znacznie większą głębokość niż na wschodnim odcinku ulicy, wybudowano wielką liczbę oficyn, tworząc liczne układy dwu- i trójpodwórzowe (np. nr 24 i 30). Czasami poprzestawano na jednym, bardzo wydłużonym podwórzu, szczelnie obudowanym oficynami (nr 20, 22 i 29). Takie oficyny wznosili m.in. Franciszek Brauman (nr 21) i Michał Dobromysłow (nr 35). Proces dogęszczania zabudowy nasilił się jeszcze w późniejszych latach. W 1912 roku na terenie posesji nr 10 przebito w celach spekulacyjnych ślepą ulicę, której nadano nazwę Mławska (ob. nie istnieje). Po jej zachodniej stronie wystawiono 3 czteropiętrowe kamienice: narożną od Franciszkańskiej (nr 10) i bliźniacze domy o ryzalitach środkowych, zwieńczonych trójkątnymi włamaniami gzymsu. Stronę wschodnią uliczki zajęły niższe zabudowania frontowe (sklepy i magazyny ). Identyczną wysokość otrzymał dom nr 12/6168 o nie ustalonym czasie budowy. Ok. 1913 nadbudowano do wysokości czterech pięter kamienicę Rozenmana (nr 3a). W latach 1913-14 na wielkiej posesji nr 6, należącej podówczas do Mendla Handelsmana, wyburzono zachodnie skrzydło kamienicy klasycystycznej, aby wznieść na jego miejscu dwa modernistyczne domy czteropiętrowe: nr 6A- przypisywany Józefowi Handzelewiczowi - z attyką wieńczącą ryzalit środkowy oraz nr 6 - autorstwa Henryka Stifelmana i Stanisława Weissa - z wielkim trójkątnym frontonem w zwieńczeniu, wypełnionym cyrkłastym oknem. Ocalałe skrzydło wschodnie starej kamienicy otrzymało teraz oznaczenie 6B. W okresie międzywojennym nie przybył już żaden nowy budynek. Od 1936 rozpoczęły się wyburzenia związane z poszerzeniem i przedłużeniem ul. Bonifraterskiej. Rozebrano wtedy obie kamienice narożne po stronie płn. (nr 16 i 18) oraz położony naprzeciw dom nr 19. W 1939 poważnym zniszczeniom uległ odcinek ulicy w pobliżu Nalewek. Na przeciwległym krańcu spłonął wtedy jedynie dom nr 11. Jesienią 1940 cała ulica znalazła się w obrębie getta. W 1942 Niemcy wyłączyli z jego obszaru odcinek od Freta do Bonifraterskiej. Pozostała część została zrównana z ziemią podczas powstania w getcie i po jego upadku (1943). Ciężkie walki podczas powstania warszawskiego (sierpień 1944) doprowadziły do zniszczenia reszty ulicy, niemniej pewna liczba domów na odcinku pomiędzy ul. Sapieżyńską a Mławską nadawała się po wojnie do odbudowy. W latach 1946-47 rozebrano niemal wszystkie wypalone mury, odbudowując prowizorycznie tylko jedną z kamienic Mandelsmana (nr 6A). Dom ten dotrwał do lat 60., po czym także uległ rozbiórce. Dzisiaj na miejscu kamienicy 6a stoi apartamentowiec .
Na podstawie książki Jarosława Zielińskiego „Atlas dawnej architektury ulic i placów Warszawy”
